全书52卷，各论分为16部，60类，记载药物1892种。数字是这样来的，李建元《进本草纲目疏》说，《本草纲目》将《证类本草》的药物剪去繁复，得1479种，补录诸家本草39种，李时珍新增374种，合计药物为1892种，刘衡如先生点校本根据实数统计为1897种。但错误并不在此，而是“中国药用植物”6个字。如果只看植物药，《本草纲目》实际有1097种，占全部药物的58%。估计设计者没有理解“本草”二字，所谓“直云本草者，为诸药中草类最多也”，遂将全部1892种都当成植物了。事实上，“本草”一词多数时候都与“药物学”等义，入药涵盖动、植、矿三类，以及少数人工制成品，并不局限于植物。

不仅如此，“中国”二字也不妥。从汉代《神农本草经》开始，就不断有域外药物进入本草，不断累积叠加，《本草纲目》中引种或依靠进口的药物已有200余种。如书中记载的番红花、番木鳖，在当时都属于“进口药材”。明代是引进外来物种的高峰时期，一些农作物如玉米、甘薯、南瓜、丝瓜，都在《本草纲目》中首次或较早记载。